Многие исследователи творчества Бёртона считают, что его женщины оказывали максимальное влияние на последующее творчество режиссёра. Велико влияние бывшей танцовщицы Лизы Мэри, художницы, а впоследствии и актрисы, с которой режиссёр долгое время встречался, обручился (в начале 1992) и проживал вместе вплоть до 2001 года.
За это время были сняты наиболее показательные для творчества Бёртона фильмы: «Эдвард Руки-ножницы» (1990), «Эд Вуд» (1994), «Сонная Лощина» (1999) и другие.
Фильмом «Эдвард Руки-ножницы» ознаменовано начало длительного сотрудничества Бёртона с актёром Джонни Деппом. Депп возглавляет список актёров, постоянно снимающихся у Бёртона и считается альтер-эго Бёртона.
На съёмках «Эдвард Руки-ножницы» (1990) Бёртон все больше сближается с кумиром своей юности актёром Винсентом Прайсом (они познакомились ещё во время озвучивания мультфильма «Винсент»). Результатом дружбы становятся съёмки документального фильма «Разговоры с Винсентом». Фильм остался незаконченным из-за смерти актёра в 1993 году.
Дважды режиссёр пробует себя в съёмках рекламных роликов: в 1998 для жевательной резинки Hollywood Gum — ролик «Садовый гном», и в 2000 — два ролика для часовой компании Timex «Кунг-фу» и «Манекен». В ролике «Манекен» главную роль исполнила Лиза Мэри. Лиза Мэри также появляется в эпизодических ролях или ролях второго плана практически во всех фильмах Бёртона в период с 1994 по 2001 год и озвучивает некоторых персонажей в сериале «Стейнбой — мальчик-пятно».
Кроме того, Тим Бёртон активно пишет сценарии к собственным фильмам «Эдвард Руки-ножницы», «Эд Вуд», мультфильмам «Кошмар Перед Рождеством», (и в дальнейшем «Труп Невесты» и др.) и многим другим (см. фильмографию).
Срежиссированный из-за тотальной загруженности другим режиссёром кукольный анимационный фильм «Кошмар Перед Рождеством» по одному из ранних стихотворений Тима Бёртона поначалу не получает признания зрителей, но, будучи выпущенным на видео имеет бурный успех и на долгое время становится его «визитной карточкой». Повсеместно распространена ошибка, согласно которой именно Бёртон считается режиссёром данного проекта.
В 1995 году выходит первое издание ставшего классическим сборника интервью «Бёртон о Бёртоне» американского кинокритика Марка Солсбери — настольная книга всякого фаната Бёртона, постоянно дополняемая и выдержавшая неоднократные переиздания. Предисловие к сборнику написал друг режиссёра и его кинематографическое альтер-эго Джонни Депп. (В феврале 2008 книга вышла на русском языке в издательстве «Азбука» под названием «Тим Бёртон. Интервью: Беседы с Марком Солсбери».)
Этот период характерен ещё и наибольшим количеством фильмов, которые было предложено снимать Бёртону, но по тем или иным причинам съёмки либо были приостановлены, либо пост режиссёра переходил другим: так, Бёртон мог снять фильмы «Мэри Рейлли» (Бёртон замещен Стивеном Фрирзом), «Возвращение Супермена» (отложен, снят позднее Брайаном Сингером), «Динозавры Атакуют!» (отложен), «Человек с инфракрасным зрением» (отложен), продолжения «Битлджуса», «Падение дома Эшеров» по рассказу Эдгара По, фильм в стиле фликов Расса Мейера «Go Baby Go», итого около десятка проектов. Ко всему, Бёртон планировал снять Лизу Мэри в главной роли в ремейке классического фильма ужасов Марио Бава «Маска Демона» по повести Гоголя «Вий». Проекту не суждено было осуществиться.
Бёртон выступает повторно как писатель в 1997, выпустив книгу «Унылая Смерть Мальчика-Устрицы» с собственными иллюстрациями. По словам самого Тима в интервью на TV — это не детская книга, и вряд ли «младенец» поймет её.
Тогда же, по его собственному признанию, с подачи Лизы Мэри он увлекается дзенскими медитативными практиками, которые позволяют пережить Бёртону ряд закрытых проектов, все больше склоняется к вегетарианским диетам. Все более реальные формы принимает его увлечение фотографией. Бёртон экспериментирует с широкоформатными и цифровыми камерами. Объектом его съемок чаще всего становится Лиза Мэри.
В этом же году Бёртон принимает приглашение на участие в жюри Международного кинофестиваля в Каннах.
С начала 2000-х уезжает из Калифорнии, США и постоянно проживает в Лондоне, Великобритания. За это в американской прессе его периодически называют «режиссёр, который проживает в Лондоне».